A Reserva Natural das Lagoas de Santo André e da Sancha tem cerca de 5370 hectares e estende-se na faixa litoral ao longo de 15 km, desde o limite sul da povoação da lagoa de Santo André até ao limite norte da área ocupada pelo Complexo de Sines, nos municípios de Sines e de Santiago do Cacém. A criação da área protegida teve como objetivos principais a conservação do elevado valor ecológico destas duas zonas húmidas e das suas zonas envolventes, nomeadamente enquanto áreas importantes para a reprodução, invernada e migração de aves, bem como proteger o complexo dunar envolvente e a faixa marítima adjacente que alberga uma fauna marinha caraterística.
Esta Reserva Natural é constituída essencialmente por ecossistemas litorais, respetivamente, os sistemas lagunares de Santo André e da Sancha, que são circundados por um conjunto diversificado de ecossistemas aquáticos e ribeirinhos influenciados por águas doces e salobras, incluindo pequenas áreas de sapal, salgueirais, caniçais, juncais, urzais higrófilos e pastagens húmidas, constituindo um total de 6 habitats prioritários para a conservação da natureza. A vegetação representa um dos valores naturais mais importantes, estando inventariadas cerca de 510 espécies de plantas vasculares, essencialmente espécies tolerantes a longos períodos de inundação, salinidade e dessecação estival. Destaca-se a presença da espécie prioritária Linaria ficalhoana e da Ammophila arenaria, essenciais para a fixação dos cordões dunares, os zimbrais de sabina-das-praias e os matos de camarinha que povoam as dunas estabilizadas. As dunas interiores são ocupadas por formações arbustivas densas, incluindo os zimbrais de Juniperus navicularis, espécie endémica de Portugal continental, os urzais de tojo Ulex australis e os matos de marcetão Santolina impressa. Relativamente ao património faunístico, a lagoa de Santo André situa-se entre as mais importantes zonas húmidas nacionais para as aves, tendo o seu pico de ocupação no fim do verão, destacando-se o galeirão-comum e o pato-de-bico-vermelho por possuírem aqui populações muito superiores a qualquer outra zona húmida nacional. Estão ainda registadas neste local, entre muitas outras, a garça-branca-pequena, o tartaranhão-ruivo-dos-pauis, o borrelho-de-coleira-interrompida, a andorinha-do-mar-anã, o noitibó-de-nuca-vermelha, a felosa-unicolor e o rouxinol-pequeno-dos-caniços, sendo este último o símbolo da reserva natural.
Devido às suas caraterísticas, a RNLSAS está inserida na Rede Natura 2000 através da criação das Zonas de Proteção Especial para as Aves "Lagoa de Santo André" e "Lagoa da Sancha" e da integração de parte da área da reserva no Sítio de Importância Comunitária Comporta/Galé estando ainda inserida na Lista de Sítios da Convenção de Ramsar, que inclui as zonas húmidas de importância internacional. Outras medidas que contribuíram para aumentar os valores de conservação do património natural desta área, foram a interdição do exercício da caça dentro dos limites da reserva, a criação da Zona de Pesca Profissional da Lagoa de Santo André e a implementação do projeto GroundScene, que consistiu na modelação de cenários de exploração em aquíferos de zonas costeiras, efeitos na biodiversidade de lagoas e respetivas ribeiras como ecossistemas dependentes de água subterrânea.
Contudo, esta área protegida tem sido afetada por vários fatores que perturbam o seu ciclo natural. A proliferação das espécies vegetais exóticas invasoras, como o chorão e as acácias assumem particular gravidade neste espaço natural. A própria lagoa da Sancha, outrora um importante local para a nidificação de várias espécies de aves, encontra-se neste momento em degradação acelerada, devido ao assoreamento, à expansão descontrolada do caniço e das acácias e à fraca qualidade da água, sendo muito urgente a realização de ações de restauro da laguna costeira e da linha de água que a ela aflui, sob pena de comprometermos de forma irreversível, o seu valor ecológico. Existe também alguma pressão turística, com a realização de atividades de lazer e recreio como passeios pedestres e passeios a cavalo que podem levar à destruição da vegetação dunar.